（作者系北京大学经济学院教授）
增值税是我国第一大税。2016年，国内增值税收入40712亿元，加营业税（营改增后合并为增值税）11502亿元，再加进口货物增值税、消费税12781亿元，减出口退税12154亿元，共计52841亿元，占全国税收收入总额130354亿元的40.54%。增值税与国家的财政收入、企业的生产经营乃至人们的生活息息相关，对我国企业竞争力的影响重大。应该高度重视现行增值税抵扣制度对企业创新的阻碍。
2017年两会期间，营改增实施效果备受关注。政府工作报告2017提出要落实和完善全面推开营改增试点政策，简化增值税税率结构。3月12日，王军局长在两会部长通道表示，2017年营改增会有4个“增效剂”，让企业更“有感”。
1994年的分税制改革确立了以增值税和营业税为主体的税制结构。增值税的税基主要是第二产业中的工业和第三产业中批发零售业的增加值，而营业税的税基主要是第二产业中的建筑业和第三产业（除批发零售业外）的流转额。增值税和营业税的设置在当时的社会经济条件下起到了广泛深远的意义。然而，随着中国社会经济的发展，增加企业竞争力、激发市场活力的呼声日益高涨，增值税在中间生产流通环节即需要缴纳而非在最终消费环节缴纳的弊端逐渐凸显。
理论上讲，增值税可以转嫁，其最终的承担者是消费者，最终环节之前的税收都具有“代付”性质。然而由于企业的销项和进项可能存在不匹配的情况，导致了留抵税额的存在。《增值税暂行条例》第四条规定，当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。
增值税留抵税款出现的根源在于采用抵扣法计算增值税。进项税与销项税分离，购进商品时就已经缴纳了进项税，此时的增值税进项税并未考虑增值额，即无论是否有增值，也不管增值额大小，纳税人都需先缴税。如果纳税人进项税大于销项税，即纳税人当期交易并未增值，理论上而言，没有增值额就不应该缴纳增值税，但是事实上纳税人已经缴纳了税款。
在企业生产运营中，由于行业经济特点和产业结构等问题，许多企业大量长期存在增值税“留抵税额”问题，占用企业资金流，甚至成为实际上的企业税收负担。特别是考虑到企业在创业初期进行研发等活动时存在较大风险和不确定性，在项目开始时购入的设备、材料所负担的增值税进项税额在企业项目失败无法产生销项时，也就无法抵扣，增加了企业的创业成本。
当代经济新兴产业的特点是创新创业和所伴随的不确定性。现行的增值税抵扣制度，对于需要面对重大不确定性和长期不确定性的创新创业投资来说，是不利于全球竞争的：企业需要在投资之初就预缴投资所含的17%增值税及其附加。任何一个制造业企业做固定资产和长期研发投资，如果投资失败，要比不实行增值税留底制度的国家多付近20%的增值税成本。
此外，根据增值税抵扣政策的有关规定，允许抵扣的进项税额中不包括直接人工，即劳动力工资费用。而对于从事研发、创新的企业来说，研发人员和技术工人的工资成本较高，而这些成本无法抵扣增值税进项税额，实际上加重了研发活动的税收成本，不利于鼓励企业创新。
政府有关部门已注意到增值税抵扣制度存在的问题，在一些行业和领域内实行留抵税额退税的政策。例如根据《关于大型客机和新支线飞机增值税政策的通知》（财税〔2016〕141号），对纳税人从事大型客机、大型客机发动机研制项目以及纳税人生产销售新支线飞机而形成的增值税期末留抵税额予以退还。以及其他政策中，对于一些符合条件的增值税一般纳税人，由于特定事项产生的留抵税额，按照一定的计算公式予以计算退还，包括：符合条件的集成电路重大项目增值税留抵税额退税《关于退还集成电路企业采购设备增值税期末留抵税额的通知》（财税〔2011〕107号）；对外购用于生产乙烯、芳烃类化工产品的石脑油、燃料油价格中消费税部分对应的增值税额退税《关于利用石脑油和燃料油生产乙烯芳烃类产品有关增值税政策的通知》（财税〔2014〕17号）。
基于此，在下一步增值税立法过程中，应结合不同纳税主体的情况，深入研究增值税留底制度的性质及影响，完善增值税抵扣制度。对于增值税进项大于销项的情况，在符合一定标准（如创业初期、金额较大、时间较长等）的前提下，可以考虑在当期退税，解决增值税留抵税额长期占用企业资金的问题，以提升企业竞争力。